Refluks dwunastniczo-żołądkowy może być przyczyną bólów brzucha i wymiotów żółcią u chorych po częściowej resekcji żołądka lub cholecystektomii. Najskuteczniejszym sposobem leczenia jest wtedy operacja naprawcza z zespoleniem żołądkowo- jelitowym metodą Roux-en-Y. U osób, które nie były wcześniej operowane, rozpoznanie refluksu żółciowego należy stawiać ostrożnie i głównie w przypadkach, w których objawom dyspeptycznym towarzyszy żółciowe zapalenie żołądka w gastroskopii przebiegające z hiperplazją dołeczków żołądkowych w badaniu mikroskopowym. Żółć w obecności kwasu solnego może powodować uszkodzenie błony śluzowej, a wyrazem jej regeneracji jest rozwój metaplazji jelitowej. Większe znaczenie od refluksu dwunastniczo- żołądkowego ma refluks dwunastniczo-żołądkowo- przełykowy, ponieważ składniki żółci stymulują produkcję cytokin prozapalnych w przełyku, a także powodują stres oksydacyjny i uszkodzenia DNA. Pod ich wpływem dochodzi do zmiany ekspresji genów w nabłonku wielowarstwowym płaskim przełyku, co może sprzyjać powstawaniu metaplazji Barretta i raka gruczołowego przełyku. W rozpoznawaniu refluksu żółciowego nie ma „złotego standardu” diagnostycznego, a poza endoskopią wykorzystuje się scyntygrafię dróg żółciowych, spektrofotometryczną ocenę stężenia bilirubiny w treści żołądkowej lub przełykowej oraz monitorowanie pH i impedancji w przełyku; każda z tych metod ma jednak istotne zalety i wady. Inhibitory pompy protonowej mogą być skuteczne u części chorych, ponieważ zmniejszają objętość refluksu i eliminują toksyczny wpływ kwasu solnego. Efekt pozostałych sposobów leczenia jest ograniczony lub wymaga potwierdzenia w badaniach z randomizacją. Dotyczy to leków prokinetycznych, środków wiążących kwasy żółciowe, pochodnych kwasu alginowego oraz baklofenu. Na uwagę zasługuje kwas ursodezoksycholowy, który korzystnie zmienia skład żółci, osłabiając jej toksyczny wpływ na błonę śluzową żołądka i przełyku. Fundoplikacja chirurgiczna może zmniejszać nasilenie refluksu żółciowego do przełyku, ale nie powinna być zalecana jako metoda profilaktyczna w stosunku do raka gruczołowego przełyku.