Refluks żołądkowo-przełykowy (GER) w okresie niemowlęcym jest zjawiskiem powszechnym i występuje raz na 500 urodzeń, częściej u chłopców. Szczególną uwagę należy zwrócić na dzieci z grupy wysokiego ryzyka (dysplazja oskrzelowo-płucna, przetoka przełykowo-tchawicza, stan po operacji zarośniętego przełyku, wiotkość krtani, interpozycja okrężnicy, zaburzenia neurologiczne), u których GER może współistnieć z chorobą podstawową i zwiększać ryzyko występowania groźnych dla życia powikłań ze strony dróg oddechowych. Obraz choroby refluksowej (GERD) może przybrać tzw. „maskę laryngologiczną”. W tej grupie pacjentów rzadziej występują objawy gastrologiczne: nudności, zgaga, zaburzenia połykania, a na pierwszy plan wysuwają się takie objawy, jak: przewlekła chrypka, kaszel, świst krtaniowy i bezdechy u niemowląt, zapalenia krtani, nawracające zapalenia płuc, a nawet nawracające zapalenia ucha środkowego. Kaszel utrzymujący się u dziecka dłużej niż 3 tygodnie jest najczęstszym pozaprzełykowym objawem GER.
Największą wartość diagnostyczną w rozpoznawaniu GER ma 24-godzinna pH-metria przełyku. Badanie radiologiczne z kontrastem górnego odcinka przewodu pokarmowego jest mało przydatne w rozpoznaniu GER, natomiast pomaga w wykrywaniu wad anatomicznych. Badanie scyntygraficzne przełyku wykorzystuje się w przypadkach refluksu zasadowego lub obojętnego, który może występować z powodu zmiany pH, spowodowanego spożyciem mleka lub zwiększonym odpływem śliny. Badanie endoskopowe przełyku pozwala na uwidocznienie zmian patologicznych błony śluzowej i wykonanie biopsji. W przypadku dolegliwości ze strony dróg oddechowych konieczne jest badanie endoskopowe krtani, tchawicy i oskrzeli. Najbardziej typowym obrazem niszczonej chemicznie błony śluzowej dróg oddechowych jest widoczna w badaniu endoskopowym śluzówka o wyglądzie „kostki brukowej”. Wyróżnia się trzy etapy leczenia GERD: 1) zmiana trybu życia; 2) leczenie farmakologiczne; 3) leczenie chirurgiczne.
Zmiana trybu życia to przede wszystkim modyfikacja diety: częstsze przyjmowanie pokarmu i stosowanie mniejszych porcji, zmiana pokarmu na hipoalergiczny i zagęszczony oraz podniesienie wezgłowia i ułożenie niemowląt podczas snu na lewym boku. Leczenie farmakologiczne obejmuje stosowanie: inhibitorów pompy protonowej (PPI), antagonistów receptorów H₂ (cimetydyna, ranitydyna, famotydyna), leków prokinetycznych oraz cytoprotekcyjnych (antacida). Leczenie operacyjne stosuje się u dzieci, u których utrzymują się objawy kliniczne mimo leczenia zachowawczego. Najczęściej wykonuje się fundoplikację sposobem Nissena.