Dieta bezglutenowa stanowi obecnie przedmiot wielu badań i kontrowersji, co jest spowodowane zarówno doniesieniami sugerującymi znaczenie glutenu w patomechanizmie wielu chorób, jak i agresywnym marketingiem i promowaniem diety bezglutenowej w środkach masowego przekazu. W literaturze można wyróżnić trzy zasadnicze nieprawidłowe reakcje na gluten: alergiczną, autoimmunizacyjną oraz inne immunologicznie mediowane nadwrażliwości. Celiakia jest chorobą, w której dochodzi do odpowiedzi immunologicznej na spożyty gluten u osób genetycznie predysponowanych, natomiast alergia na pszenicę i jej komponenty, w tym gluten, jest klasyczną alergią pokarmową IgE-zależną. Stosunkowo niedawno sklasyfikowanym schorzeniem jest nieceliakalna nadwrażliwość na gluten (NCGS). Jest to wariant nietolerancji pokarmowej diagnozowany u pacjentów, u których wykluczono celiakię i alergię na pszenicę. To schorzenie dość kontrowersyjne ze względu na utrudnioną diagnostykę, częstą autodiagnozę pacjentów i wykazywany w badaniach silny efekt nocebo, który jest odwrotnością efektu placebo. Obecnie prowadzone są badania analizujące znaczenie glutenu w innych jednostkach chorobowych, między innymi zespole jelita drażliwego i chorobach autoimmunologicznych. Istnieją także przesłanki o korzystnym wpływie glutenu na organizm ludzki, między innymi poprzez pozytywny wpływ na mikroflorę jelit, czy możliwe działanie protekcyjne w chorobach układu sercowo-naczyniowego. W świetle obecnych dowodów naukowych dieta bezglutenowa nie powinna być stosowana profilaktycznie u osób zdrowych, a osoby wykazujące objawy nietolerancji glutenu lub cierpiące na określone schorzenia nie powinny wdrażać jej bez odpowiedniej diagnozy i konsultacji z lekarzem.