Każdy przyszły rodzic na nadzieję, że jego dzieci będą zdrowe. Przewlekła choroba, taka jak nieswoiste zapalenie jelit, zwiększa obawy dotyczące seksualności, płodności, przebiegu ciąży i porodu, a także wpływu choroby i jej leczenia na dziecko. Niepokój budzi kwestia dziedziczenia. Płodność zazwyczaj jest taka jak w populacji ogólnej, chociaż może być obniżona u kobiet z aktywną chorobą Leśniowskiego-Crohna i po proktokolektomii z wyłonieniem zbiornika jelitowego. Mężczyźni leczeni sulfasalazyną i metotreksatem mają polekowe, odwracalne zmiany nasienia. Jeśli do zapłodnienia dojdzie w okresie remisji, przebieg ciąży i jej zakończenie są takie jak w populacji ogólnej. Natomiast zaostrzenie choroby może skutkować niską masą urodzeniową i porodem przedwczesnym. Dlatego najważniejsze jest poradnictwo przed ciążą i współpraca gastroenterologa, ginekologa, neonatologa, a czasem chirurga w trakcie ciąży i porodu. Najistotniejszy jest wybór odpowiedniego momentu na prokreację i uświadomienie przyszłym rodzicom, że utrzymanie remisji przy zastosowaniu adekwatnego leczenia niesie ze sobą mniejsze ryzyko skutków ubocznych dla matki i dziecka niż aktywna choroba. Leczenie zapalenia u ciężarnej wymaga wypośrodkowania między chęcią podtrzymania remisji a obawami dotyczącymi bezpieczeństwa. Większość stosowanych leków, w tym biologiczne, nie zagraża ciąży. Bezwzględnie przeciwwskazany jest metotreksat. Nie ma przeciwwskazań do diagnostyki obrazowej lub endoskopowej, jeśli jest taka konieczność. Także jeśli zajdzie potrzeba operacji, może ona być bezpiecznie przeprowadzona. W większości przypadków poród może się odbyć siłami natury. Aktywna choroba okołoodbytowa i zbiornik jelitowy typu J są jedynymi gastrologicznymi wskazaniami do cięcia cesarskiego. Karmienie piersią ma korzystny wpływ na rozwój dziecka, a stosowane leki najczęściej nie są wówczas przeciwwskazane.