Patogeneza nieswoistych zapaleń jelit pozostaje nadal nieznana. Na świecie obserwuje się stale rosnącą liczbę nowych przypadków tych chorób. Obecnie klasyczne postacie tego schorzenia rozpoznawane są już u najmłodszych dzieci. Do chwili obecnej nie ustalono wszystkich możliwych czynników biorących udział w powstawaniu nieswoistych zapaleń jelit. Bierze się pod uwagę uczestnictwo kilku czynników sprawczych, między innymi genetycznych, środowiskowych i immunologicznych. Czynniki środowiskowe, które odgrywają rolę w etiopatogenezie nieswoistego zapalenia jelit, to przede wszystkim bakteryjna flora jelitowa, dieta, związki chemiczne zawarte w pożywieniu i otoczeniu człowieka oraz palenie tytoniu. Działanie środowiska jest wielokierunkowe. Zawarte w produktach spożywczych konserwanty, spulchniacze, sztuczne barwniki, leki czy wysoko przetworzone potrawy zawierające mukopolisacharydy i siarkowe aminokwasy z dodatkiem konserwantów, stanowią wyjściowe substraty dla bakterii redukujących siarczany. Wzrost ilości tych bakterii wpływa na redukcję znajdujących się w jelicie siarczanów, a powstające w wyniku tej reakcji związki siarkowe uszkadzają nabłonek jelitowy. Stwierdzono częstsze występowanie choroby Leśniowskiego-Crohna w dużych aglomeracjach miejskich w porównaniu z mieszkańcami regionów wiejskich. Przypuszcza się, że ma to związek z innym charakterem diety, która jest bogatsza w sacharozę, węglowodany proste i kwasy tłuszczowe omega, a uboższa w warzywa i owoce. Dużą rolę przypisuje się zawartości kwasów tłuszczowych w pożywieniu człowieka. Na zmniejszenie częstości występowania niektórych chorób autoimmunologicznych i zapalnych, w tym chorób zapalnych jelit, korzystny wpływ mają zawarte w diecie kwasy tłuszczowe omega 3. Innym istotnym czynnikiem odpowiedzialnym za wystąpienie i przebieg nieswoistych zapaleń jelit u dorosłych jest palenie tytoniu - i jego wpływ na przebieg nieswoistego zapalenia jelit jest jednym z kryteriów różnicujących wrzodziejące zapalenie jelit i chorobę Leśniowskiego-Crohna.